OFDC根据企业化运作的需要，结合认证业务范围，建立组织结构和质量管理体系。OFDC组织结构图如下：
检查部
（1） 负责CNCA批准和CNAS认可的业务范围内的有机和GAP认证申请与受理； （2） 负责IOAS认可的业务范围内的有机认证申请与受理； （3） 组织合同评审，签订认证合同； （4） 负责检查策划，委派检查任务，选派检查员，组建检查组，审核检查计划； （5） 负责认证要求变更的通知； （6） 负责与国内外认证机构的联系与合作；
（7） 负责OFDC境外分包业务的认证申请与受理； （8） 负责OFDC境外分包业务的申请材料的预审核，签订认证合同； （9） 负责OFDC境外分包业务的报告预审核和OFDC境外分包业务的标签审核； （10） 负责与国外发包方有机认证机构的联系与合作；
认证部
（1） 根据颁证委员会的认证决定，负责认证证书和标志管理以及证后日常监督工作； （2） 负责CNAS、IOAS和GLOBAL-GAP等认可； （3） 负责内部审核； （4） 受理和处理投诉/申诉事件； （5） 负责向CNAS和CNCA通报质量管理体系及认证相关信息的变更；
绿色发展研究院 （1） 食品农产品认证标准、政策、法规研究； （2） 食品农产品认证技术研究； （3） 新认证制度研究、开发和维护（有机餐饮、绿色贵州等）； （4）为国家有机/GAP认证示范区及示范创建区提供技术支撑；
绿色发展研究院
（1） 食品农产品认证标准、政策、法规研究； （2） 食品农产品认证技术研究； （3） 新认证制度研究、开发和维护（有机餐饮、绿色贵州等）； （4）为国家有机/GAP认证示范区及示范创建区提供技术支撑；
综合部
（1） 负责日常行政和财务管理； （2） 负责人事管理； （3） 负责对外宣传和培训工作； （4） 组织参加国内外学术研讨和展览；； （5） 负责人员培训和人员能力评定；
OFDC部门介绍
